３６協定とは何か

労働基準法３６条に基づいて定められた時間外勤務に関する労使間の協定のようです。
・残業しろって言われたらする。
・でも残業時間は協定の範囲内にする。
という感じの協定です。

法律文化社の「労働法２」(1993)によると、以下のような感じになります。

・労働基準法(以下 労基法)３２条に法定労働時間の規定がある。
　１日８時間、週４０時間が原則。特例として、職種によって、週４８時間。
・労基法３６条。労使間の協定があれば、使用者は協定の範囲内で時間外労働を命じる事が出来る。
　これは３２条の例外規定。(３６協定というのはあくまでも例外的措置なのだ)
・労使間の協定とは、使用者と労働組合、労働組合がない場合には社員の過半数を代表する者との間の協定である。
・３６協定の時間を超えて残業させるということは、法定時間を超えて労働させたことになり、３２条に違反することになる。法律的効果は以下。
　　１．使用者は「６箇月以下の懲役または、１０万円以下の罰金」
　　２．労働時間の基準を満たさない労働契約についてはその部分が無効。(労働者は、残業命令に従う必要がない。使用者は残業命令に従わない事を理由に解雇できない)

労働時間の多さに悩んでいる方は、違反の効果の２に着目しましょう。
３６協定を超える残業をさせられたら、その後は残業命令に従う必要はありません。それを理由に解雇されることはありません。

組合のない会社にお勤めの方は、協定がどのように結ばれているかに注目しましょう。
「社員の過半数を代表する者」の実体がない場合があるようです。
協定がデッチあげであれば、そもそも継続的に残業させている事自体が違法になりますので、そのあたりを攻めてもよいかもしれません。

あと、争う前に、協定を開示してもらうようにしましょう。(クサった会社だと、見せてくれないみたいですが)